離子色譜柱的流動相，在進行樣品檢測前，至少使用20倍柱體積流動相使色譜柱充分平衡。流動相一定要使用色譜級別的溶劑。如使用水相的緩沖液應當天配制以保持新鮮避免細菌產(chǎn)生。流動相使用前需用微孔濾膜過濾,消除流動相中顆粒對色譜系統(tǒng)和色譜柱的損壞。緩沖液與其他流動相混合后應重新過濾避免溶解度變化造成產(chǎn)生新的沉淀。不應使用純水作為流動相沖洗C18色譜柱，以免柱性能損壞（添加5%的有機溶劑沖洗色譜柱，同時可以達到對緩沖鹽清洗的作用。還可以使色譜柱更容易平衡）。
離子色譜柱的樣品制備，樣品應當盡可能溶解在能與流動相相互溶的溶劑中。除特殊指明外，如使用強溶劑溶解樣品柱子的分辨率將可能降低。樣品溶液在進樣前應使用針頭式過濾器對樣品預先過濾。頻繁改變流動相組成，會加速降低柱效。離子色譜柱由高壓勻漿法裝填，能承受較高壓力。為獲得分離效果，使用時請不要超過200kgf，而且避免壓力突然上升或變化，否則會造成硅膠填料的破壞，減少色譜柱的使用壽命。除特殊要求外操作溫度不要超過60℃。
離子色譜柱的保存操作，如果流動相含有酸或無機鹽，應當先用去離子水沖洗干凈。然后用用100%乙腈或甲醇保存色譜柱。后用柱子的接頭密封，并放在穩(wěn)定的環(huán)境中存放。應避免色譜柱受到直接的機械沖擊或摔落，避免造成色譜柱性能的降低。
離子色譜柱的安裝，首先應確認柱和儀器的接頭以及管路是否匹配。為減少死體積，進樣閥、柱子、檢測器之間的連接管路內徑盡可能使用內徑較小的管線，同時控制進樣器、色譜柱和檢測器之間連接管線的長度。為了使色譜柱與儀器系統(tǒng)達的連接效果，應盡量使用與色譜柱接口相匹配的螺帽和錐形接頭，如原來的接頭長期匹配其他類型的色譜柱，建議在連接新色譜柱前應檢查匹配情況，避免造成色譜柱的損壞或因色譜柱不匹配造成的漏液。
